Ho windows 7 a 64 bit e uso emule correttamente con ID alto. Non riesco però a visualizzare il carattere giapponese nelle ricerche di emule, mi compaiono sempre dei quadratini bianchi. Questi caratteri riesco a vederli in modo corretto sia sui browser e fare ricerche che con office.

non credo c'entri eMule, è una questione che riguarda direttamente windows.
Prova a seguire queste istruzioni:
http://windows.microsoft.com/en-us/windows7/type-in-chinese-japanese-and-other-character-based-languages

Altrimenti abilita la lingua PRC come suggerito nella prima risposta di questo thread :
http://social.technet.microsoft.com/Forums/windows/en-US/1eea3d70-c29a-4a80-9dd7-87ec131f160a/chinese-characters-showing-as-blocks-on-windows-7